1、吖啶橙：吖啶橙是最經典的靈敏的熒光染料，它可對細胞中的DNA和RNA同時染色而顯示不同顏色的熒光，DNA呈綠色熒光，RNA呈橙紅色熒光。
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2、EB：染色DNA和RNA。
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3、熒光素雙醋酸酯(FDA)：FAD 本身無熒光,無極性，可透過完整的原生質膜。一旦進入原生質體后，由于受到酯酶分解而產生具有熒光的極性物質熒光素。它不能自由出入原生質膜，因此有活力的細胞能產生熒光，無活力的原生質體不能分解FAD無熒光產生。5mgFDA溶于1ml丙酮中，避光4℃下貯存，使用時取0.22mlFDA貯存液加入5ml0.65mol/L甘露醇中。使用時，使最終濃度為0.01%。
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4、熒光染料Ho33342和若丹明123：活細胞雙熒光染色觀察細胞核和線粒體。一般的生物染料不能穿透細胞膜，只有當細胞被固定后改變了細胞膜的通透性，染料才能進入細胞內。但有些活體染料能進入活細胞，并對細胞不產生毒性作用。熒光染料Ho33342和若丹明123都是活體染料。Ho33342能與細胞中DNA進行特異的結合，若丹明123能與線粒體進行特異的結合。采用兩種熒光染料的混合染液可對一個活細胞的核和線粒體同時染色。