目前，質量高的數碼顯微鏡同時具有一般光學顯微鏡和數碼相機的功能，使得在顯微鏡視界中的圖像以更高明晰的方式呈現在顯示屏上。作為一種較為精密的光學儀器，人們在使用過程中應該嚴謹依照操作規范進行，以期較好發揮數碼顯微鏡功能，接下來將在下文中展開介紹。

1.注意清潔

數碼顯微鏡是光學精密儀器，在使用時要特別當心，使用前要熟悉數碼顯微鏡的結構和功能，查看各總零件是否完好無缺，鏡身有無塵埃，鏡頭是否清潔，做好必要的清潔和調整作業。使用前應將鏡身擦洗一遍，用擦鏡紙將鏡頭擦凈（切不可用手指擦抹）。若遇到鏡臺或鏡頭上有干香柏油，可用擦鏡紙沾取少數二甲苯將其擦去。

2.正確調整光源

數碼顯微鏡對光時應避免直射光源，因直射光源影響物像的明晰，損壞光源設備和鏡頭。人們可通過擴展或縮小數碼顯微鏡光圈、升降聚光器，以及旋轉反光鏡調整光線。一般原則為：凡查看染色標本時，光線應強；查看未染色標本時，光線不宜太強。低倍鏡觀察光線宜弱，高倍鏡觀察光強宜強。

3.依照正確程序

數碼顯微鏡的使用時有一定的程序可遵從，查看的標本須先用低倍鏡觀察，由于低倍鏡視界較大，易發現目標和確定查看的方位。同時，人們應該先慢慢旋轉粗調理輪，當在視界內出現物象后，改用細調理輪，上下輕輕滾動，直至視界內取得明晰的物象。仔細調整，確定并將需進一步要調查的部位移至視界中心，然后用高倍鏡調查。

歸納而言，使用者要想較好發揮數碼顯微鏡功能，就需要注意清潔，正確調理光源，依照正確程序。此外，深受歡迎的數碼顯微鏡廠家提醒用戶，不能直接滾動物鏡鏡頭，而是應該滾動物鏡轉換器，得到想要倍數的物鏡，以便不影響影響光軸的同軸和齊焦。